ソースを見ていないので、詳細はわからないのですが、
書かれている現象から推測する範囲で、、、

「特定の項目（flag）があった（trueだった）場合には商品一覧ページには表示させない」

期待される結果から推察すると、上記処理が、「プロダクトの数を変数に格納する前に」、該当する商品をハネる（つまりカウントさせない）、という処理にならなければならないところ、「全体をカウントしてから」、条件に該当するもののみを表示させない、という処理になっているのではないでしょうか？

なので、当然商品カウント数には、含まれますし、一覧に表示する数にも含まれ、後ろの商品が詰めてこない、、、ということでは？

つまり、

商品１｜商品2（表示しない）｜商品３｜商品４｜商品５（表示しない）

となった場合では、先に商品を数えたら、5個ですよね？
表示される数は、3個です。
リストアップの段階で、商品2と商品5がハネられてリストアップされていれば、どちらも3個です。5個表示させるなら、商品6と商品7が加わってきます。

ヒントになりますでしょうか？