それなりのレベルが分かりませんが、phpの知識もあった方がいいかもしれません。（ソースに抵抗がない程度）
細かい事になってくるとDB関係の知識も必要です。
ですが私はphpの知識はありませんがそれなりにec-cubeを使える様になってきました。（いまだにhtmlもソフト任せですし、cssも?がいっぱいです。）

それでもココまでできました。
白いたいやき通販
PCサイト
http://www.wtaig.com/
モバイル
http://www.wtaig.com/mobile/

ここの様なコミュニティもあるし、グーグル先生に聞けば解決策も色々教えてくれるので何とかやっています。（時間は掛かりますが。。。）

通常運営であれば問題ないと思います。
（種類の複数選択など特殊になってくると難しいかもです。）

ec-cube歴2カ月の感想です。

とりあえずはインストールして実物を触ってみるのが早いかもしれませんよ〜