横から失礼します。
このソースを見るかぎり、小さい画像があるかという判断が先にきてるので、拡大画像が表示されないんだと思います。

<!--▼サブコメントここから-->
<!--{section name=cnt loop=$smarty.const.PRODUCTSUB_MAX}-->
<!--{if $arrFile[$lkey].filepath != ""}-->

<div class="sub_area clearfix">

<!--拡大写真がある場合ここから-->
<!--{assign var=lkey value="sub_large_image`$smarty.section.cnt.index+1`"}-->

<div class="subphotoimg">
<!--サブ画像-->

<img src="<!--{$arrFile[$lkey].filepath}-->" alt="<!--{$arrProduct.name|h}-->" />
<!-- subphotoimg end --></div>
<!--拡大写真がある場合ここまで-->
</div>
<!--{/if}-->
<!--{/section}-->
<!--▲サブコメントここまで-->

で拡大画像だけ表示されると思いますが、どうですか？
すみません・・・。テストもしてないので、どうかはわかりません＞＜

ちなみに、区切り線は恐らくCSSに記述されてるので、CSS内の「sub_area」か「subphotoimg」の部分にbackgroundファイルの指定かボーダーの指定があれば、それを消すことによって表示されなくなります。

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-----------情報-----------
自分の分かる範囲でお答えします。

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