引用：
data/cache/mtb_pref.serial
を、一旦削除する必要があります。

1.都道府県の内容変更場所。

mtb_prefのデータを変更して、
上記キャッシュを削除。

2.都道府県を非表示にした場合の必須項目解除方法。

"都道府県"、"EXIST_CHECK"
で、検索した下記結果の部分をコメントアウト。

http://www.kudzilla.com/~hic/eccube-dev/image/pref.PNG
ID/PWD : hic/Ringo

3.都道府県を変更する場合、同テーブル内に登録する数として、47以下でも問題は無いでしょうか？

php,tplとも、配列の引数が空だと、返り値も空になるので、、、問題ないと思います。。。
全データ削除して、フィールド：prefが空でも、軽く触った感じでは、OKっぽいです。