私ならば・・・

html/user_data/packages/ 配下に site_main.tpl が作成されていないか確認します。
編集したファイルが誤っている確率を疑います。
編集したファイルが上書きできていない確率を疑います。
他のキャッシュファイルも削除してみます。
site_main.tpl 以外のファイルを編集した場合に変更が反映されるかを確認します。
別のテンプレートが使われていないか検証します。

・・・とりあえず思いついた範囲にて・・・

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Seasoft
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