特定のカテゴリーを非表示にしたいというより、
特定のカテゴリーを含む商品を非表示にしたいということでしょうか。

その場合、$arrProduct のなかに category_id は含まれていませんので、
<!--{if $arrProduct.category_id != “●”}--> だけではうまくいかないと思います。

LC_Page_Products_Listクラス の lfGetProductsListメソッドで、
$arrProduct の元となる $arrProducts を取得しているようですので、
そのあたりで商品毎の category_id を取得するロジックを入れれば、前には進みそうです。