一応XREA+でテストしたりしてますが、少なくても1つのEC-CUBEしか運用していない状態では、そのような問題はでていません。

私の場合はEC-CUBEを2つ入れていますが、そもそもセッションをいじってますので問題なかったりします（汗）。

EC-CUBEに限らず、同じドメインでblogやCMS系を一緒に運用しているのでしたら、競合しているのかもしれませんね。
その場合は各々.htaccessでsession.nameを変更するのが簡単かな。

私はテストのなかで一旦セッションを消したいと思うことがあるので、session.save_pathも変えています。