EC-CUBEとは関係ないテーブルを同じユーザー、同じデータベース内に置いていませんか？テーブルオーナーの設定はセットアップ時と同じですか？

それらが適切な権限やオーナーにおいて設置されていないか、Postgresqlの組み込みビューがおかしくなっています。

EC-CUBEのバックアップはテーブルオーナーが一致するテーブルをシステムに問い合わせて、それらを全リストアップしてバックアップします。
テーブルオーナー等の設定を後日、ＤＢに対して直接いじっていると正常に動作しませんのでご確認されると良いと思います。

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