ありがとうございます。

その他の決済の場合は、問題なくメールは飛びます。

また、2.4系の別サイトを同じサーバーで構築しましたが、そのサイトではPayPal決済時でもメールは飛んでいます。
（サーバーはhetemlを利用しています）

試しに2.11.4を別ディレクトリに新規インストールしてみて、PayPalモジュールを入れただけの状態でテストをしてみたのですが、やはり注文メールは届きませんでした…。

2.4系では動いていますので、設定のミスではないと思うのですが…なにかサーバー依存の問題でしょうか？