管理画面の
設定＞基本情報設定＞ショップマスターの画面の
送料設定の枠に複数配送を有効にするという項目がありますので、
有効にチェックを入れて登録すれば、
異なる種別の商品をカゴに入れる事ができるようになるみたいです。

ただ、カートに入っている商品を判定して、
配送方法の「店頭受取」のみ表示させるというのはカスタマイズが必要なようです。

種別の異なる商品をカゴに入れて、買い物を進めると
お届け先情報（配達方法・配達日時を選択）が種別の数だけ表示されます。
あくまで想像ですが1つのお届け先に共通の配達方法のみ表示するという形式は
実装されていないように思われます。

ご確認のほど、よろしくお願いします。