ありがとうございます。

移行データに問題があれば毎回失敗すると思うのですが、何度か試行すると全部入ることもあるのが不思議です（毎回同じデータを使用しています）。

クエリーログを確認してみましたが、20件ずつREPLACE文で投入しているようで、その中に抜け落ちた顧客IDのデータも入っていました。

REPLACE INTO dtb_customer
(id, customer_status_id, sex_id, job_id, country_id, pref_id, name01, name02, kana01, kana02, company_name, postal_code, addr01, addr02, email, phone_number, birth, password, salt, secret_key, first_buy_date, last_buy_date, buy_times, buy_total, note, reset_key, reset_expire, point, create_date, update_date, discriminator_type, customer_rank_id, plg_mailmagazine_flg, check_date)
VALUES ( 20件分の顧客データ )

REPLACEに失敗することってあるのでしょうか。
または、この時点でデータは投入されていて、その後の処理で抜け落ちる可能性もあるのでしょうか。

他に調べる方法があればご教授いただければと思います。