移行プラグインでデータが消える件、無事解決いたしましたのでご報告いたします。

tattsuさまのアドバイスに従い、ConfigController.phpの該当箇所を

$value[$column] = mt_rand();　から
$value[$column] = isset($data[$column]) ? $data[$column] : mt_rand();
に変更したところ、全件データが入るようになりました。

ご報告とお礼を申し上げます。