間違いや失敗しても取り戻しが効きやすいのは
別環境（テスト環境）で構築→本番サーバに適用
ですね。ただし、安全な分、手間は掛かります。

DBもテスト環境からエクスポートして、本番でインポート。
さらにファイルをアップロードした後、各種設定を確認、必要に応じて修正する。
という風になると思います。

心配な場合はテスト環境を２つ作って、テスト環境からテスト環境へのアップで本番適用のテストをするのが良いでしょう。
（VirtualPCやVMWareを使えば１PCでも複数環境使えますし）

※上記は普通の開発会社が、普通に毎日のようにしている手順です。

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