コマンドプロンプト側はどうやら正常そうですね。

引用：

EC-CUBE側は・・・
構造がかわってしまったので、正確かはわかりませんが、
β版はmtb_constans の CHAR_CODE をみて発行しているみたいです。

SC_Query.php　79行目
$this->conn->setCharset(CHAR_CODE);

っと、もしかしたら、デフォルトCHAR_CODEは"UTF-8"でデファイン指定されてますが、ハイフンで駄目かもしれません。
ハイフン削除して試してください。

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次に、データベースの文字コードが違うかもしれません。
SHOW CREATE DATABASE データベース名
で各データベースの文字コードを調べてください。

また特殊なケースとして同様に、
SHOW CREATE TABlE テーブル名
でテーブル毎の文字コードも調べることが可能です。
→テーブルのみ文字コードが違うなんて特殊ケースがたま〜にあります。

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他には、あんまり思いつかないなぁ。
mysqlのダンプとってテーブルのSQLみるだとか？
でもこれも確か、文字コード指定在ったような気がするし・・・