手動アップグレードで何度も失敗している私の出る幕ではないかもしれませんが・・・

まぁあまり参考にしないでください。

大きく分けて、ファイル郡のアップデートとデータベースの移行に分かれると思います。

先ずファイルの方ですがクリーンインストールした後にuser_dataのオリジナル（カスタマイズ）ファイルを戻す必要がありますが、
私の場合、

クリーンなuser_data/package/defaultを管理画面からテンプレートファイルとしてダウンロードします。そしてそのまま別名のテンプレートとしてアップロードします。custom とでもしておきましょう。

ここで、defaultとcustomという2つのテンプレートが登録されたかた思います。

次にFTPで、html/user_data/package/custom と data/smarty/template/custom の両方をローカルにDLしオリジナルと比較しながら、カスタマイズ部分を追加・変更していきます。

私の場合カスタム部分には<!--コメント--> とか cssでしたら/*カスタム部分*/　を書いていますので、変更箇所は割と見つけやすいです。　これで変更が終わったら、FTPでcustomに戻してやります。これでデザイン部分の変更はできるはずです。

次にデータベースですが、これはなかなか厄介ですね。直接DBをいじれる環境でしょうか？下手にさわって失敗しても責任もてませんし、完璧に行おうとすると結構手間かかると思いますので、言及は避けたいと思います。ていうか私も自信がないｗ

取り合えづお手軽な方法としてできるのは、CSVを使う方法かなと思います。今現在は、バックアップ機能や、カテゴリCSVと商品CSVのダウンロード機能がついてますので、これが利用できるなら、旧サイトからDLして 新しい方へ流し込むだけですね。

ただ、これもうまくいったりイカナカッタリで、結構失敗してます。

「CSV登録」 などで当サイト内を検索すると有用な情報が結構ありますので、そちらを参考にしてください。

いずれにしても、結構大変な作業になると思います。
がんばってください。 としか言いようがないｗ