eccube-1.3.4をダウンロードしてから適当な場所で解凍し
dataフォルダとhtmlフォルダの中身をアップロードしましたがうまく
いきませんでした。
どの部分を書き換えればいいのでしょうか？

htohpさんのレベルがわかりませんのでなんともいえませんが...

レベルというのは、例えば
・パソコンのことなら大体自分で調べてなんとかできる　とか
・ホームページぐらいは作れる　とか
・プログラミングを少々かじった　とか
・サーバーの仕組みを多少知っている　とか
いろいろあると思います。

現状のEC-CUBEは上記の例をすべて満たしている人でないと、自力でなんとかすることはできないと思われます（汗）。

とりあえずマニュアルサイトの
・サーバー設定方法
・インストール方法
を読んでもらって、それでダメなら
・EC-CUBEを使ったサイトを構築依頼したい
かな。