はじめて利用します。よろしくお願いします。
-----------------------------------------------------

[EC-CUBE]2.11.4
[データベース] MySQL 5.0.51
[ブラウザ] Firefox14.01
[現象]
すでに登録したカテゴリ名に割り当てられたカテゴリIDを管理しやすいように規則的なものに換えようと思い、100件ほどCSVを使って削除しました。データはCSVをダウンロードして、削除フラグを1にしてCSVで上書き保存、カテゴリ登録CSVの画面でアップロードしました。
その後目的だったカテゴリIDを任意のものに換えて同じカテゴリ名でアップロードすると、既に同じカテゴリ名が登録されているとエラーメッセージが出てきました。管理画面上では消えているので、再度CSVをダウンロードして確認したところ、削除したはずのデータが残っておりました。
試しに管理画面上から別のカテゴリ削除を実行したところ、CSVにも残らず削除できました。しかし、管理画面上から消えてしまったカテゴリは消す手段がありません。

というわけで、私が間違ったやり方をしてしまったのか、この後どうすればカテゴリを削除できるのか教えてください。

それと、CSVで登録するマニュアルや書籍をご存知でしたらそちらも教えて下さい。私がかった”EC‐CUBE「Ver2.11対応」公式ガイドブック 基本編”では目的だったCSVでの掲載方法などが載っておらず参考になりませんでした。基本編より先はプログラムを操作する参考書のようなので、恐らく無いのだと思いますがもしご存知でしたらよろしくお願い致します。

削除フラグ(del_flag)を1にしただけですと、EC-CUBE上では見えなくとも、根本のMySQLデータベースにはレコードとして残ってしまっています。
(del_flag=1、というフィールド値を持ったレコード行が存在するということですから、当然といえば当然ですよね？)

ですので、完全に重複しないようにしたいのであれば、サーバー側のMySQLデータベースから直接削除する必要があるのではないかと思います＾＾；

もしくは、未確認ですが、削除フラグを1にした行のカテゴリ名を、今後絶対使わないであろう名前に変更して再度アップしたら、少なくとも名前が重複することはないのではなかろうかと・・・？

おお！ありがとうござます。目からうろこ。
どうしようもなく一日中張り付いていたかいがありました（涙

MySQLはいじったことがなく、別の人におまかせしているんですがいまちょっと無理で私が・・。

とりあえず消えてないカテゴリの名前をCSVをつかって変更してみます！
ありがとうございます。
あと、手伝っていただいてる方の手が空き次第データベースをいじってもらいます。

本当にありがとう。