はじめまして、現在EC-CUBEの導入を考えており、
EC-CUBE2.0.0ベータ版 でテストを行おうとしているのですが、
インストール後の設定でつまづいております。

導入しようとしているレンタルサーバは siteserve2 です。

環境
EC-CUBE : 2.0.0 beta
OS : Linux CentOS 4.4
Apache : 2.0.59
PHP : 5.2.3
DB : MySQL 5.0.37-community-log

まず、Windows上 での解凍時に以下のエラーが出ます。
　× eccube-2.0.0-beta - 同じ名前のフォルダが存在するため、解凍できません。
　× eccube-2.0.0-beta\html - 同じ名前のフォルダが存在するため、解凍できません。
　× eccube-2.0.0-beta\html\campaign - 同じ名前のフォルダが存在するため、解凍できません。
これは、以下の記事を参考にeccube-2.0.0-beta/dataの中身を
eccube-2.0.0-beta/eccube-2.0.0-beta/dataに上書きコピーいたしました。

http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=thread&topic_id=1356&forum=4&post_id=4328#forumpost4328

siteserve2 での設置に関しては、
添付されているままの.htaccessファイルをアップロードすると siteserve2 では500番のサーバエラーが出ます。
サポートへ .htaccess へ明示的に記述する項目があるのか問い合わせました。
回答ではsiteserve2は特に .htaccess の設置に関しては制限（規制）等は設けていないが
記述に関してはサポートを行っていないので設置･動作確認は自分で行うよう回答を貰いました。
その時に教えていただいたurlを参考にトライアンドエラーを繰り返し、phpinfoで
.htaccessの内容が反映されているのを確認しました。

その後、マニュアルサイトのインストールの手順に従い一応インストールは出来ました。
インストール後、ログアウトするとログイン画面に戻るのですが、
再びログインしようとすると下記のようなエラーが出てログインできません。
----
http://www.hoge.com/eccube/html/admin/login.php

SERVER_ADDR:xxx.xxx.xxx.xxx
REMOTE_ADDR:xxx.xxx.xxx.xxx
USER_AGENT:Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.8.1.9) Gecko/20071025 Firefox/2.0.0.9

UPDATE dtb_member SET login_date= ? WHERE member_id = 2
DB Error: unknown error

UPDATE dtb_member SET login_date= '2007-11-21 14:53:40' WHERE member_id = 2 [nativecode=1226 ** User 'xxxx' has exceeded the 'max_updates' resource (current value: 5000)]

/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/admin/login.php 33:LC_Page_Admin_Login_Ex->process
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class_extends/page_extends/admin/LC_Page_Admin_Login_Ex.php 56:LC_Page_Admin_Login->process
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Login.php 69:LC_Page_Admin_Login->fnCheckPassword
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Login.php 106:LC_Page_Admin_Login->fnSetLoginDate
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Login.php 142:SC_Query->update
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/SC_Query.php 329:SC_DbConn->query
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/SC_DbConn.php 74:DB_common->query
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/common.php 1162:DB_common->execute
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/common.php 959:DB_mysql->simpleQuery
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/mysql.php 324:DB_mysql->mysqlRaiseError
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/mysql.php 894:DB_common->raiseError
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/common.php 1853:PEAR->raiseError
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/PEAR.php 557:DB_Error->DB_Error
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB.php 893:PEAR_Error->PEAR_Error
----

時間をしばらくおくとまたログイン出来るようになります。

また、商品管理画面から規格管理を選択すると下記のエラーが出ます。
----
Warning: require_once(/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/../data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php) [function.require-once]: failed to open stream: No such file or directory in /users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/admin/products/class.php on line 26

Fatal error: require_once() [function.require]: Failed opening required '/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/../data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php' (include_path='.:') in /users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/admin/products/class.php on line 26
----
これは/data/class_extends/page_extends/admin/products/以下にあるファイル
LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php000644 を ->
LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php に変更してエラーがなくなりました。
これはファイル名を修正してもよかったのでしょうか？

検索をかけたところ、他にもファイル名の最後に同じく000644の付くものが
以下の通りありましたが、これらはこのままで問題ないのでしょうか。
LC_Page_Admin_OwnersStore_Ex.php000644
LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php000644
Services_JSON_AssocArray_TestCase.html000644


siteserve2 での設置に関してはうまくいきましたら改めてスレッドを変えて
報告させていただきたいと思います。

プログラミング、データベースともまったく初めての経験です。
よろしくお願い致します。

その後わかったことを報告いたします。

・Windows上 での解凍時のエラーについて

　解凍ソフトのバグによるもののようでした。
　その後いくつか解凍ソフトを変えて試してみました。

　・解凍レンジ Ver.1.41
　eccube-2.0.0-betaフォルダの中に、eccube-2.0.0-betaとdataの２つのフォルダが出来る。
　ファイル名の最後に000644の付いたファイルは出来ない。

　・Lhaplas Ver.1.56
　eccube-2.0.0-betaフォルダの中に、eccube-2.0.0-betaとdataの２つのフォルダが出来る。
　ファイル名の最後に000644の付いた以下のファイルが出来る。

　LC_Page_Admin_Mail_TemplateInput_Ex.php000644
　LC_Page_Admin_OwnersStore_Ex.php000644
　LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php000644
　Services_JSON_AssocArray_TestCase.html000644

　・Lhaz Ver.1.34
　eccube-2.0.0-betaフォルダの中に、eccube-2.0.0-betaのみ出来る。
　他のソフトで出来ていたもう一つのdataフォルダ内のファイルは
　eccube-2.0.0-betaの中の正規のdataフォルダの中へ解凍されている。
　ファイル名の最後に000644の付いたファイルは出来ない。
　開発の履歴に
　　2007/8/25 ver1.34
　　<修正>
　　　・gzip書庫での脆弱性に対処。
　　　・gzip書庫のdirectory traversal問題に対処。
　とありますので、それと関連しているのかもしれません。

・siteserve2 について
　
　仕様は、
　EC-CUBE : 2.0.0 beta
　OS : Linux CentOS 4.4
　Apache : 2.0.59
　PHP : 5.2.3
　DB : MySQL 5.0.37-community-log

　なのですが、phpinfo の情報をよく見ると、
　Server API -> CGI となっておりました。
　.htaccessの記述やphp.iniの扱い方は
　xreaへのインストール方法のページが参考になるかと思いますが、
　EC-CUBE用の記述をしたphp.iniファイルを作り、
　すべてのフォルダの下におく必要があるかと思います。

・郵便番号DB登録をしようするとある程度までバーが進んでエラーで止まる
　
　ログアウトしてしばらく経つまで郵便番号DB登録は同じエラーが表示されて
　進めません。
　しばらくたつとまたバーが進みます。その都度、INSERT INTO で表示されている県名が進んで？
　いるようなので少しづつ更新されてはいるようですが。
　エラーの中に以下のように記述あり、
　[nativecode=1226 ** User 'xxxx' has exceeded the 'max_updates' resource (current value: 5000)]
　SQL のエラーコード表を見ると、1226 ER_USER_LIMIT_REACHED とあります。
　この後、ほかの作業をしようとすると同じ nativecode=1226 エラーが出ます。
　郵便番号DBが大きすぎるのが原因かもしれません。

・検索キーに欧文のみ引っかかり、日本語が検索できない
　
　たぶん文字コードがどこかの設定がまずく正しく変換されずに登録されているのだと思います。

　まだ、いろいろ検証中ですがまた報告させていただきます。