なるほど、
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=thread&topic_id=14396&forum=9&post_id=64667#forumpost64667

この修正は別途必要ということですね。
了解です

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https://www.ec-cube.net/integrate/partner/partner.php?partner_id=690

チケット並びにチェンジセットへの登録、ありがとうございました。

一応、「解決済」にさせていただきます。

早速ありがとうございます。
http://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/23355
のパッチを当てた所、こちらでも直りました。
ありがとうございました。

このスレッドの件については、「解決済」にさせていただきましたが、
他の関係で、備忘録として記載します。

v2.13.1の管理画面：受注情報編集画面では、
受注情報に、通常商品とダウンロード商品を混在できます。
（ショップ画面では、混在できません。：エラー表示されます。）
また、ダウンロード商品の編集もできないと思います。
（ダウンロード商品について考慮されていないようなので。：ダウンロード商品には、お届け先情報がないので。）

とりあえず、チケット#2451
http://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/2451
「受注編集> ダウンロード商品を購入した受注に対して、商品追加すると数量が消えてしまう」
が登録されており、
この件については、修正案（私案）をスレッドに投稿しています。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=14072&forum=9&post_id=64534

red様提示の修正を加えても、ダウンロード商品の編集自体はできないと思います。
（ダウンロード商品、通常商品の順に商品が並んだ受注情報については、通常商品の編集もできないと推察します。）

ダウンロード商品の場合だけを分けようとすると全般的に悲惨なことになるので、ざっくりと直しました。
あんまり良い方法ではないですが。。

http://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/23361

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他の部分（機能）に、影響はでないのですか。

それと、お届け先が（１口）かつ（追加登録した住所）の受注情報に
ダウンロード商品を追加すると、お届け先が２口になるような。

この修正をしてみました。

この修正によって、ダウンロード商品の数量を変更すると、
dtb_shipment_item にダウンロード商品のお届け情報が新規に追加されます。

これに関して、納品書等、他の機能について整合性を確認する必要があります。
（暫定対策では、dtb_shipment_itemの扱いが不安定になりそうな気がします。）

追記：
「ダウンロード商品の数量を変更」ではなく、商品の変更で「ダウンロード商品」にした場合も、dtb_shipment_item に追加されていました。