これからイプシロン決済を利用して、
ネットショップを利用するところです。

モジュールのダウンロードや、
イプシロンの各種申し込み等は完了し、
これからEC-CUBEに設置（実装）するという段階です。

ところが、以下のような手順書を見ると、
管理画面に「オーナーズストア」という項目があって
そこから進めるような記載がありますが、
どこを探しても管理画面には見当たりません。

http://www.ec-cube.net/document/MN02_module_install.pdf

モジュールを設定するには、どこに進んで設定すればよいのか、
教えて頂けると幸いです。

管理画面の右上の方にありませんか？

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返信ありがとうございます。

管理画面の右上には「SITE CHECK」と「LOGOUT」のみが有り、
それ以外には見当たらない状況です。

ちなみに、EC-CUBEのバージョンは2.12.4です。
考えられる可能性などを教えて頂けると幸いです。

宜しくお願いします。

メンバー管理で「店舗オーナー」設定になってしまった場合、
下記のスタイルシート記述で管理画面の表示されるメニューが制限されるようになっています。
/html/user_data/packages/admin/css/admin_contents.css

/* 権限 */
x-dummy
,.authority_1 #navi-basis-masterdata
,.authority_1 #navi-contents-file
,.authority_1 #navi-design-bloc
,.authority_1 #navi-design-template
,.authority_1 #navi-design-add
,.authority_1 #navi-system
,.authority_1 #navi-ownersstore {
/* display: none; --- IE で不具合 */
border: none;
width: 0;
height: 0;
overflow: hidden;
visibility: hidden;
}

上記の記述を一旦取り除いた後に、
「システム管理者」権限のメンバーを追加されてはいかがですか。