素人の為、わかりにくい内容かもしれませんがお許しください。

[EC-CUBE]　2.12.5
[レンタルサーバ]　アルファメール
[WEBサーバ]
[ブラウザ]
[導入プラグインの有無]
[カスタマイズの有無]
[現象] 2.12.5から2.12.6へのやり方がわからないまま更新ファイルを上書きしたところログインできなくなりサイトも表示されなくなりました。
復旧の方法がわかりましたら教えていただけないでしょうか。

宜しくお願い致します。

2.12.5→2.12.6は、API関連の脆弱性パッチ程度だったと思いますので、そのような現象になるほうが不思議な気がしますが、
どのような手順で上書きされたのでしょうか？

アップロードされたファイルは、以下URLの「更新ファイル」の「2.12.5 → 2.12.6への更新」のファイルでしょうか？
　↓
http://www.ec-cube.net/download/


FTPで上書きアップロードされたのでしょうか？

ファイルやディレクトリのパーミッションは問題ありませんか？

ご投稿いただきありがとうございます。

はい、リンクの更新ファイルになります。
はじめはpc上のファイルにしてヴァージョンがかわらなかったのでFTPで上書きしました。

＜ファイルやディレクトリのパーミッションは問題ありませんか？
パーミッションの意味があってるかわかりませんが、一人の会社ですので問題ないと思います。

サイト・管理画面にアクセスしたときの表示は下記です。

The requested URL /eccube/HTTP_URLerror.php was not found on this server.

解決しました。
SC_initialというファイルを前ので上書きしたらなおりました。
何故かヴァージョンも2.12.6になってます。
ありがとうございました。