EC CUBEは全くの初心者です。
画像、動画、情報等のデジタルコンテンツの
閲覧・ダウンロード販売を考えています。
月額使用料等の定期決済をメインに、
一括決済も含めようと考えています。

HP　jimdo business
決済　paypal 振込

paypalの人に問い合わせたら
「デジタルコンテンツの販売はpaypalの決済方法の一つ
エクスプレスチェックアウトを使用した方がいい。
これは技術的なことを知らないとネットショップに付けるのは難しい。
ただEC CUBEを使用すれば簡単に組み込める。」
と言われました。 カートを使用することを考えています。
商品数は現在2種類しかないです。
追加で増やしていこうと考えています。
paypalのカートでも十分かもしれないくらいです。

この場合、EC CUBEでおすすめのプログラム、使用方法はありますか。
それは月額いくら位かかるでしょうか。
決済手数料等は取られますか。
paypalをそのまま単体で使用した方がいいでしょうか。
paypalの決済手数料は一般的に多くて3.9％です。

EC CUBEにしたとして
ネットショップで決済ができるようになるまでにどの位かかりますか。
現在paypalビジネスアカウントを持っています。

EC CUBE　ペイメントは私にとっておすすめでしょうか。

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自然人

ペイパルの決済モジュールはチェック済みでしょうか。

http://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=179

こちらに費用についても書かれていますし、
ビジネスアカウントさえあれば簡単に導入できると思います。