2クリック決済が可能な決済モジュールの導入を検討していまして、
ペイジェントが候補としてあがっています。

こちらのモジュールの場合、1ユーザーに対して最大5個まで
カード情報を登録できるようですが、
登録済みのカード情報をEC-CUBEのマイページ内で削除することが
できるのでしょうか？

ペイジェントに問い合わせたところ、それはEC-CUBE側の機能なので、
EC-CUBEに確認してくださいとの返答でした。

色々と検索してみたのですが、それらしい情報がなかったので
こちらで質問させて頂きました。

お分かりになる方がいらっしゃいましたらご教授頂けると幸いです。

少なくとも、ECCUBEで提供されているモジュールではマイページから削除できる機能は存在しないようです。
（2.13系を参考にしました。）