現在の金額での決済ではなく、ポイントを購入し、ポイントのみで決済をすすめるシステムを依頼する場合、またそれを簡易的にもできる方法などご存知ではれば教えていただけると幸いです。
プラグインにより全部をそのシステムに変換できる事が可能であれば見積もりを作成していただき、発注まで進めさせていただきたいと考えておりますす。

プラグインで実装すると決済モジュール同梱のプラグインと干渉する場合があるので、純粋にカスタマイズする方が安定するかもですね。