この度2,0,1verをインストールしてみたんですが、ビックリ！！
パーミッションを変更しなければならい箇所がたくさん・・・

みなさんもそうなんですか？

それともインストールのミスなんでしょうか・・・

同じ経験をしました。
CentOSなど最近のRedHat系Linuxの場合、Selinuxが有効になっていて最初は苦労した記憶があります。
パーミッション系のトラブルだとPHPがApacheのモジュールで動いている場合やPHPのセーフモードが有効になっている場合も注意が必要です。

ご返信ありがとうございます。

そうですか〜　Linuxなんであきらめて全部変更してみます。

プリントしてみたら、Ａ４で３２ページも・・・

パーミッションの変更って、

$ chmod -R a+w *

みたいな感じでコマンド一つでできますよ。

まとめてディレクトリ（サブディレクトリも含む）のパーミッションを変更する方法もあります。
コマンドで、
find デイレクトリパス　-type d -exec chmod 777 {} /;
例：　find /var/www/shop/image type d -exec chmod 777 {} /;

var/www/shop/imageディレクトリのパーミッションを７７７に変更した例です。

SSHでログインなら、私の場合

　$ wget http://downloads.ec-cube.net/src/eccube-2.0.1.tar.gz

でダウンロードして、

　$ chmod 755 eccube-2.0.1.tar.gz
　$ tar zxvfp eccube-2.0.1.tar.gz

みたいにして解凍します。

tarのzxvfpのpが圧縮したときのパーミッションの設定を再現してくれるので、EC-CUBEでパーミッションをチェックしたことはありません。

そのあと

　$ mv eccube-2.0.1 /hogehoge/eccube

みたいにして、任意の場所に移動したりします。

そうゆう方法があったんですね。勉強不足でした。

ありがとうございます。