パラメータのADMIN_MODEを1に設定すると
商品登録＞商品マスターにて商品を検索し、ヒットしたものに対して
一括削除のボタンを押せば検索されたものを一括削除できる機能だが、
これを使用して一括削除を行うとその商品を登録した商品カテゴリを削除できなくなるという問題があった。

解決策：一度CSVではなく通常の方法で商品を登録してみる
(削除できなくなったカテゴリで商品を登録する。)
すると、カテゴリが削除できるようになっているので、
削除してみる。

備考：本来この方法で削除することができなければMySQLのデータベースにアクセスし、(phpmyadmin等で)カテゴリを削除していかなければならない。
このあたりの方法はわたし自身も分からず、phpmyadminの設定法がそもそもわからないので説明できない。
ただ、普通にネットでこのあたりの解決法は載っていたので
調べていただきたい。
すぐ出ると思う。