初めて投稿させて頂きます。

さくらのレンタルサーバのスタンダードを現在使用し、本日RapidSSLを導入しました。
「https:ドメイン」にアクセスはできるのですが、クリックしたページ先は「http:ドメイン/ページ/」になってしまいます。
サイト内で一連の購入手続き、お問い合わせ等をおこなってみましたが、どのページもSSLは適応されませんでした。
管理画面からサイトセキュリティ設定の「SSLを強制」にチェックを入れようとしましたが、「httpsからの接続でなければSSL制限を設定できません。」とでてしまいできません。
一応そのページを「https:」にしてアクセスしてみましたがアクセスはできても上記と同様の結果です。

EC-CUBE 2系ではdata/config/config.phpの変更ができたようですが、3系ではどのような処置をすればいいのか検討がつかない状態です。
どうかどなたかお知恵をお借りできませんでしょうか。
また、上記の操作に誤りが見られる場合、ご指摘頂けましたら幸いです。
よろしくお願い致します。

https://yourdomain/html/install.php
にアクセスして、再設定をしてみてはいかがですか？

https 経由で install.php にアクセスすれば
とりあえず「SSLを強制」にチェックが入れられると思いますよ。

さくらで SNI SSL を設定し、「SSLを強制」にて設定をすると
install.php
以外のページに全くアクセスできなくなりました。

なので、EC-CUBE の設定は、「SSLを強制」にせずに
html フォルダ内にある .htaccess を下記のように変更し
リダイレクトすることにしました。参考までに

order deny,allow
allow from all
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^(.*)\.(gif|png|jpg|css|ico|js)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]

RewriteCond %{ENV:HTTPS} !^on$
RewriteCond %{HTTP:X-Sakura-Forwarded-For} ^$
RewriteRule . https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
</IfModule>

返信ありがとうございます。
別業務に追われたりとここ数日は質問の確認ができず返信が遅れたことにお詫び申し上げます。
さっそく教えて頂いた方法を試したところ大きな問題もなく動きましたのでまた前に進めることができそうです。
もう諦めかけていたのですが返信頂けましたこと誠に感謝致します。