お使いのサーバのマニュアルまたはヘルプページにて、
php.iniの編集方法を確認してみてください。(サーバによって方法が違うので)


もし同じサーバ内に他のシステムが設置されている場合は、
設定変更によって影響がでる可能性もあるので、その場合はEC-CUBEのフォルダのみに変更を適用させるようにする必要があると思います。

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サーバーのマニュアルを確認した所、
php.iniの設定は変更できなかったので、
htaccessで設定を変更したところ、
無事文字化けが解消されました！

お忙しいところありがとうございました！