自己レスになります。

data/class/pages/upgrade/LC_Page_Upgrade_Download.php

のファイルの中の

$objLog->log("* copy batch check start");
if (count($arrCopyLog['err']) > 0) {
$objJson->setError(OSTORE_E_C_BATCH_ERR);
$objJson->display();
$objLog->error(OSTORE_E_C_BATCH_ERR, $arrCopyLog);
$this->registerUpdateLog($arrCopyLog, $objRet->data);
$this->updateMdlTable($objRet->data);
return;
}

バッチ処理チェックの部分(?)をコメントアウトしたところ
とりあえずインストールできました。

「購入商品一覧」のインストール部分も"済み"になり、次の設定まで進めるようになりましたが、このあとの動作についてはまだチェックできていませんし、バージョンアップの際も不安ですので何かあればまた投稿しようと思います。

08.01.31にリリースされたGMO-PG決済のモジュールを追加しようと

「オーナーズストア管理画面」→「購入商品一覧」→「インストール」と進むと

"ファイルの書き込みに失敗しました。
・「ログ管理」で詳細を確認してください。"

と表示され、「ログ管理」から詳細を見ると

/var/www/vhosts/ドメイン名/httpdocs/data/downloads/backup/update_○○○○/
バックアップディレクトリの作成に失敗しました

とあり、うまくインストールできませんでした。

backupフォルダには実行権限777を設定していますが上記のエラーが出てしまいます。

どなたか既にインストール済みの方はいらっしゃいますでしょうか。
ご教授いただけると助かります。

■環境
EC-CUBEバージョン 2.0.1
PHPバージョン PHP 4.3.9
DBバージョン MySQL 4.1.20

になります。

よろしくお願いいたします。