EC-CUBE３系になりますが、

違う商品種別のものをカートにいれようとすると、「この商品は同時に購入することはできません。」というエラーメッセージがでると思います。
このエラーメッセージを修正したいのですが、どこのファイルを修正すればよいでしょうか。

確か2系だと、cartのテンプレートファイルを修正すれば良かった気がしますが、3系の場合は、cartのテンプレートファイルを確認しても該当の箇所がないようです。

ご存知の方いらっしゃれば教えてください。

下記ファイル内の
src/Eccube/Resource/locale/message.ja.yml

59行目あたり、下記で定義されていますよ。
cart.product.type.kind: この商品は同時に購入することはできません。