【要望】
EC-CUBE3で作成したサイトのTTFBの値を改善し、スムーズに読み込まれるようにしたいです。
また、そのためにTTFBの改善案と原因と思わしきものが何なのか、ご教授頂きたいです。

【背景】
EC-CUBE3で作成したショッピングサイトの読み込み速度がかなり遅いため、Chromeの開発者ツールや
webpagetest（http://www.webpagetest.org/）でサイトの速度チェックをしたところ、下記のような速度結果が表示されました。



不要なCSSやJSを読み込まなくしたり、画像ファイルの軽量化なども行ってみたのですが、
どうしても最初に読み込むdocument（画像だとhttp://****.jp/shop/）のTTFBが改善されません。

同じサーバーに設置している、EC-CUBE3以外のファイルの場合はTTFBは1000ms程度です。
EC-CUBE3のディレクトリ内のファイルにアクセスしようとした際に、4秒以上の待ち時間が発生します。

DBやキャッシュファイルもチェックしましたがそれほど重くない状態で、ブラウザや端末依存という問題でもありませんでした。
正直原因の特定が全く分からないような状態なので、ヒントだけでも頂ければありがたいです。

【環境】
EC-CUBEバージョン：3.0.9
サーバーOS：Linux users***.phy.lolipop.jp 4.3.3 #1 SMP Wed Jan 20 16:36:05 JST 2016 x86_64
DBサーバー：MySQL 5.6.23-log
WEBサーバー：Apache
PHP：5.4.41
(Core, date, ereg, libxml, openssl, pcre, sqlite3, zlib, bcmath, bz2, calendar, ctype, curl, dom, hash, fileinfo, filter, ftp, gd, gettext, SPL, iconv, session, intl, json, mbstring, mcrypt, mysql, mysqli, standard, PDO, pdo_mysql, pdo_pgsql, pdo_sqlite, pgsql, apc, posix, Reflection, imap, SimpleXML, soap, sockets, exif, tidy, tokenizer, xml, xmlreader, xmlrpc, xmlwriter, xsl, zip, cgi-fcgi, imagick, Phar, OAuth, mhash, ionCube Loader, xdebug)
HTTPユーザーエージェント：Mozilla/5.0 (Windows NT 6.3; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/49.0.2623.110 Safari/537.36