現在EC CUBE3.0.8を利用中です。EC CUBE3.0.9にバージョンアップしそこなっている間にEC CUBE3.0.10になっておりました。
バージョンを飛ばしてEC CUBE3.0.10にいきなりバージョンアップしてかまわないのでしょうか？
それともEC CUBE3.0.9にバージョンアップ後EC CUBE3.0.10にバージョンアップしたほうがいいのでしょうか？

やった事ないのですが。。。
ECCUBE本体のバージョンアップは下記2つの観点から大丈夫かと思います。

-ファイル
ファイルは当然3.0.9の内容は3.0.10にも含まれているので。

- DB
DBにはマイグレーションという仕組みでアップデート毎に差分が適用されていきます。
3.0.10の中には3.0.9の差分データも入っていますので、実際の処理は3.0.9の差分適用→3.0.10の差分適用という風に順番にアップデートが適用されていきます。


プラグインに関しては3.0.10に対応していないものもあるので、確認した方がよいかと思います。

ご回答たいへん有難うございます。
了解いたしました。

お気遣いいただいています、プラグインに関しましてですが、こちらはやはり少し厄介ですね。
3.05ぐらいまでは実はそうとも知らず新バージョンが出るとすぐにバージョンアップをしていたのですがプラグインのバージョンが合わず、その前まで設定したプラグインが使えなくなってしまい大弱りでした。
それから「新バージョンが出来てもすぐにバージョンアップしてはだめなんだ」と悟りました。
プラグインのバージョンが追いつくのをまっていると今度はバージョンがどんどん進んでしまう。そうすると今度はバグが解決しない。
そうして待っている間にバージョンが進んでしまったわけです。