3.0.12のEC-CUBEをインストールしまして独自ドメインを設定しました。

やり方は
/shop/app/config/eccube/path.yml

の中身を
# urlpath
admin_urlpath: /html/template/admin
front_urlpath: /html/template/default
image_save_urlpath: /html/upload/save_image
image_temp_urlpath: /html/upload/temp_image
user_data_urlpath: /html/user_data

shop/を消去しました。
※shopフォルダ内にインストールしました。

表示は出来たのですが管理画面だけIDとパスワードを変更していないにも関わらずログインが出来ませんでした。

データーベースのdtb_memberでIDとパスワードを再度入力しなおしてもログインが出来ません。
原因がどちらかにありますでしょうか。

ログイン画面は表示されて、IDとパスワードを入力しても
「ログインできませんでした。
入力内容に誤りがないかご確認ください。」
のメッセージが表示される状況という事でしょうか？

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そこを記載しておりませんでした。

管理画面は正しく表示されていまして
IDとパスワードを入力してログインを押しても
同じ画面が繰り返し表示されます。

エラーメッセージ等は表示されず、そのまま、ログイン画面が表示されるという事でしょうか？
その際、ブラウザのURLが変わったり等、変化は無いのでしょうか？

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エラーメッセージがなしで同じ画面ですが
アドレスが変わりました。

http://○○.jp/admin/
↓
http://○○.jp/admin/login

エラーメッセージが表示されない事からセッションが効いていないのではないかと思われます。
app/config/eccube/path.ymlのroot_urlpathはどのようになっていますか？/shop/は残っていないでしょうか？
セッションを管理する為のcookie_pathにroot_urlpathを利用しているみたいですので、
公開ディレクトリ以下のサブディレクトリが設定されている場合、
フロントのカート投入やマイページログインなどセッションを保持する処理が全部動かないのではないかと思います。

因みに私の環境で、path.ymlのroot_urlpathにサブフォルダを追加すると、
管理画面のログイン時にエラーメッセージは表示されず、ログインできなくなる現象が再現できました。

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ご回答いただき誠にありがとうございます！
以下が今の状態でroot_urlpathは初めの/shop/の事でしたら残っております。
気になるのは他にも/shop/と記載している箇所が沢山ありまして、それら全て削除する必要がございますでしょうか。

# duplicated
root: /shop/ # root_urlpath
admin_dir: admin/ # admin_route
tpl: /shop/html/user_data/packages/default/ # front_urlpath
admin_tpl: /shop/html/user_data/packages/admin/ # admin_urlpath
image_path: /shop/html/upload/save_image/ # image_save_urlpath

# base valiables
root_dir: /home/users/1/○○/web/shop
root_urlpath: /shop
template_code: default

# routing
admin_route: admin
user_data_route: user_data

# public directory
public_path: /html
public_path_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html

# realdir::image
image_save_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/upload/save_image
image_temp_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/upload/temp_image

# realdir::user_data
user_data_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/user_data

# realdir::block
block_default_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/src/Eccube/Resource/template/default/Block
block_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/app/template/default/Block

# realdir::template
template_default_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/src/Eccube/Resource/template/default
template_default_html_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/template/default
template_admin_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/src/Eccube/Resource/template/admin
template_admin_html_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/template/admin
template_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/app/template/default
template_html_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/template/default
template_temp_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/app/cache/eccube/template

# realdir::csv
csv_temp_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/app/cache/eccube/csv

# realdir:plugin
plugin_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/app/Plugin
plugin_temp_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/app/cache/plugin
plugin_html_realdir: /home/users/1/○○/web/shop/html/plugin

# urlpath
admin_urlpath: /html/template/admin
front_urlpath: /html/template/default
image_save_urlpath: /html/upload/save_image
image_temp_urlpath: /html/upload/temp_image
user_data_urlpath: /html/user_data
plugin_urlpath: /html/plugin

併せて伺いたいのですが
データーベースのdtb_memberの管理者のパスワードを変更してしまいまして、それでサブドメインの状態でもログインが出来なくなってしまいまして、
色々と伺いまして大変恐縮なのですが、背に腹は代えられない状態で
ログインをする方法がございましたら教えて頂けましたら非常に助かります。
どうぞ、宜しくお願い致します。

/shop/にインストールされたファイルはそのままという状況なのですよね？
インストールした階層からパスを変更したことが無いので、path.yml内の/shopを全て削除すべきかどうかは分からないのですが、
多分、全て削除すると別の問題が起きると思います。

あと、dtb_memberのパスワードを変更されたというのは、
phpPgAdminのようなツールを利用されたという事でしょうか？

セキュリティ周りのロジックを確認していないので、うまくいくか分かりませんが、以下の値を一旦、セットされてみては如何でしょうか？
ログインID:admintest
パスワード:testtest
で登録したメンバーのDB値は以下の通りでした。
(PostgrSQL)
login_id: admintest
password: d12da02653cd9163519ee57e01e9a362e9e651e84791ebffd243515323dcd5c5
salt: 2e31959fa3

MySQLをご利用の場合は、また値が異なると思いますが・・・。

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色々とありがとうございます！

インストールをshopフォルダに行いまして
独自ドメインをshopフォルダ内を直接表示させるようにしましたが
どれを削除した方が良いかそれは色々と試してみます。
一応、
root_urlpath　: /shop/
↓
root_urlpath :
これでパスワードが間違えていますという表示はされました！

mysqlを使用しております( ;∀;)
他のec-cubeで管理者を追加してそのパスワードをコピーしたのですがそれでもログインが出来ませんでした。
直接記入してはいけなかったのですね・・・

ログインが出来ない状態ですが
フロント側は正常に表示されております。。。