タイトルのように、同一商品の色違いやサイズ違いを「お買い物を続ける」ボタンからカートに入れると、１つ前にカートに入れた同一商品が上書きされてしまいます。
別商品の場合は上書きされません。これは元々の仕様なのでしょうか？
これを同一商品でも上書きされないようにするにはどうすればよいでしょうか？

申し訳ございません。自己解決いたしました。
プラグインが干渉していたようでした。
お騒がせいたしました。