お、ついに原因に辿り着けたようです。
もうお分かりだと思いますが、ujisのDBを作ってutf-8のEC-CUBEをインストールしてってところに問題があったようですね。
直すとすれば1日ぐらいメンテナンスと称して時間をとってやるしかないかな。

SET NAMESの件は過去に↓のようなこともあったようです。
・Re: 管理画面からの商品登録システムエラー
これによるとeccube-2.1.2.zipにもそのコードがあるようですが、いまダウンロードしてみても記述がないんですよね（汗）。
tracのリビジョンログをチェックしても、記述したり戻したりした様子がないので、パッケージを作るときにいじっているのではないかと思います。
しかし、tracのtagsで管理しているバージョンと、配布しているものの中身が違うっていうのはどうなっちゃってるんでしょう...

seasoftさんのいう環境チェックが、たとえばEC-CUBEに組み込まなくてもチェック用スクリプトが別途あってもいいかもしれませんね。

お世話になります。

ramrun様、seasoft様
ご返信有難う御座います。
また書き込みが遅くなってしまい、申し訳ありませんでした。
今回の件では、原因を突き止めて下さって、本当に本当に有難う御座いました。

引用：
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お陰さまで、原因に辿り着く事ができ、少しほっとしました。
また皆様より頂きましたアドバイスから、他の部分への影響や同様の現象が高確率で出る事も考え、時間をとり修正をしていこうと思います。（頑張ります！）
修正後、またご報告させて頂きたいと思います。

今回の件では、長々とお付き合いくださり、またご丁寧に沢山のアドバイスを頂き、本当に感謝しております。
本当に有難う御座いました。
今後とも何卒宜しくお願い致します。