かれこれ３ヶ月前にアップロードして、検索エンジンへのクロール依頼もかけたのですが、殆どのページが検索エンジンに読み込まれずにいて困っています。

site:　コマンドで調べてみても、
トップページやマイページ、会社概要などは読み込まれていますが、特に商品情報（一覧ページや商品詳細ページ）では殆どのページがキャッシュされていません。

noindex、nofollowなどのタグを埋め込んでいるわけでもありません。サイト内のどこかがリンク切れしているわけでもありません。
一月になるのは、サーバーの反応速度が極めて遅いこと。おそらくMySQLを用いていて、450点ほど商品登録をしているため、商品一覧ページ、商品詳細ページの表示がクリックすると5秒程度ウェイト時間があります。これによってクローラーが読み込みを断念しているのでは？と思っています。

どなたか原因が分かる方、お知恵を拝借できませんでしょうか？
何卒宜しくお願い致します。

どちらかと言うと5秒かかる事の方が問題としては大きいと思いますが、別の話題ですね。

前に調べた時には5秒くらいならタイムアウトしなかったような気がしますが、資料を残してないので記憶違いかもしれませんし、いまは違うかもしれません。
Googleウェブマスターツール等でエラーが出ていないか確認されてはいかがでしょう。

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pantacle
http://pantacle.net/

まず、実際に検索エンジンのクローラーがどこまで来ているのかどうかを、アクセスログなり、ウェブマスターツールなりで確認すると良いと思います。アクセスログのステータスコードなども判断材料になるかと思います。

またサイトの表示速度が遅いと、クローリング頻度やクローリングしてくれるリンクの深さも浅くなり、最終的な結果、サイトのインデックスへの反映も遅くなる傾向はあると思います。

といっても２ヶ月強たっても全ページをインデックスしてくれないことは私も経験有ります（直近では今年１月ぐらいですが）。特にGoogleは外部リンクが無いサイトのインデックス速度が遅い場合があり、外部リンクされ始めるとインデックス速度（クローリング頻度）は急激に上がる感覚的な挙動はありますね。
※もちろん外部リンクは価値のあるものという前提

とりあえず速度面どうこうより、適切なSEO対策で検索エンジンに対しては改善する面はあると思います。SEOという面にだけですが・・・

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