僕も以下の環境で同じような経験があります。
管理画面にはログインできますが、突然セッションが途切れてしまう現象は同じです。結構面倒くさいです。

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EC-CUBE：2.2.0β
PostgreSQL：8.3.1
PHP:5.2.5
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動きを見てみると、
管理画面で商品登録などをした後、
サイトチェックでフロント画面を見るとなるような気がします。
特に、テストユーザーでログインして購入フローテストをしたり、
携帯サイト側にアクセスすると頻繁になりますね。

上記から推測できるのは、同じブラウザ上で
管理画面とフロント側のセッションを必要とする場面（購入フローや携帯側のページ）を行き来すると、管理画面のセッションがフロント側のセッションに上書きされてしまっているような気がします（検証しておりませんので、あくまで推測です）

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[url=http://www.eccube-school.jp/]EC-CUBE

自己レスです。

別の回答にあったようにphp.iniのタイムアウトを変えたところ表示されました。
mysql.connect_timeout = 180
max_execution_time = 180

最初に、「ログイン認証〜」とあったのでMySQLの問題ではないと思ったのが間違いでした。

お騒がせしました。

しかし、これではMySQLでは実用に耐えられないかな？

再度自己レスです。

opera,fireboxではうまく行きましたが、IE6では「ログイン認証の有効期限切れ〜」になります。

ローカル環境でテストしているため、IEがクッキーを受け付けていないようであるところまでは、わかりましたが、
IEで必ずクッキーを受け付けるように設定してもうまく行きません。

ところで、ec-cubeはクッキー必須なのでしょうか？
代替方法はないものでしょうか？

IEでないとヘッダー等のプレビューがきかない様なので何とかしたいのですが。

自己レスです。

IEは、アンダースコアを含むホスト名だとcookieを保存しないことが分かりました。

参考　http://hori-uchi.com/archives/000109.html

勉強不足でした。