データベースの拡張として、新しくテーブルを作成しました。
仮にmtb_newtableとします。

mtb_newtableの何らかのデータが入っているものとします。

データベースのバックアップ→リストアを行うと、
mtb_newtableのテーブル内容が空になってしまいます。

バックアップの時点では、全てのテーブルではなく
どこかに記述してあるテーブルリストのものをバックアップとるのでしょうか・・・？

Postgres でも MySQL でも、システムカタログ
（データベースのシステムが保有している情報）を参照しており、
EC-CUBE側でテーブル名を列挙したりはしていないようです。

但し、Postgres の場合は、データベースの接続ユーザー自身が
作成したテーブルのみをバックアップしているようですので、
別のユーザーでテーブルを作成すると、
そのテーブルのデータはバックアップされないのではないかと思います。
（すみません、実際の動きは確認していません…）

念のためリストア側のプロセスも確認しましたが、
こちらはバックアップファイル内のデータを無条件に読み込んでいるようです。

ユーザーが一致しているにも関わらず空になるようでしたら、
バックアップファイルをダウンロードして中身を確認してみられると
良いのではないかと思います。

rasyuki様

Postgres上で確認しまして、
こちらでも再現しました。

同じようにmtb_newtableを作成し、
データベースのバックアップ→リストアを行い、bkup_data.csv
を確認しましたが、mtb_newtableのバックアップができていません
でした。
しかし、管理画面-システム設定-マスターデータ管理では、
mtb_newtableが項目として表示されておりシステムに
認識はされていますので、
もし、rasyuki様がPostgresをご使用なのであれば、
新規テーブルの所有者がデータベースの接続ユーザーと
同一ではない為、バックアップ一覧に含まれない可能性が
考えられます。