文章能力が乏しくて申し訳ないのですが、
現象だけをご説明しますと、

基本情報管理の「ポイント設定」の「ポイント付与率」
と
商品登録時に設定した「ポイント付与率」
に違いがあると
その違いのある商品を
全額ポイント利用の上購入すると
「ご入力内容のご確認」ページの「今回加算されるポイント」が
０ポイントになりません。

※全額でなく一部ポイントを使用しても計算がおかしいです。


実際の流れはこれです。

◆1.3.2を新規インストール
◆基本情報管理の「ポイント設定」にて「ポイント付与率」を10%に設定
◆新規に商品を売価5000円「ポイント付与率」20%で追加
◆新規会員登録の上、売価5000円「ポイント付与率」20%の商品１個を
　全額ポイントを使用し購入すると・・・・
　※現象確認のため、管理ページから5000ポイントをあらかじめ付与

「今回加算されるポイント」が500ポイントになります。
本来は、0ポイントのはずです。

今度は、全額ではなく一部ポイント利用すると・・・
ポイント利用なし／決済額5000円→1000ポイント付与（問題なし）
500ポイント使用／決済額4500円→950ポイント付与
1000ポイント使用／決済額4000円→900ポイント付与
2000ポイント使用／決済額3000円→800ポイント付与
3000ポイント使用／決済額2000円→700ポイント付与
4000ポイント使用／決済額1000円→600ポイント付与

ポイント付与率をいろいろ変更して試していませんが、
どうやら、
ポイント利用なし購入時に本来付与されるべきポイント数から
ポイント利用分の10%が差し引かれたポイントが付与される様です。

基本情報管理の「ポイント設定」の「ポイント付与率」
と
商品登録時に設定した「ポイント付与率」
を同じ数値にすると問題は無いようです。

どなたか、同様の現象の方はいらっしゃいませんか？

EC-CUBEバージョン1.3.2
PHPバージョン PHP 4.4.2
DBバージョン PostgreSQL 7.3.13
※管理ページから行える範囲の修正／設定変更しかしておりません。

ちょっと調べてみて、該当箇所と原因はすぐに判ったのですが解決方法が難しい問題ですね、これって。

EC-CUBEのポイント計算方式は

1.カートに入っている商品毎に夫々独立してポイントを計算しておく。この時使用するポイント率は商品毎に設定されている物を使用する。
2.カートに入っている全商品分のポイントを合計する。
3.支払方法でポイントが使われている場合、その支払われたポイント金額分のポイント計算を行い、算出したポイントを付与ポイントから引く。この時使用するポイント率はサイト基本情報に設定された物を使用する。

こういう仕組みになっている為、商品に設定するポイントがサイト基本情報のポイントより高い場合、
全額ポイントで支払ってもポイントが付与される事態が発生します。
ただ、例えば300円の商品と500円の商品を買い、300円の商品の方はポイント率100%、500円の商品の方はポイント率50%とし、支払い時に500ポイントを使って支払いました。ではこの時付与される「正しい」ポイントは何ポイントになるでしょう？という問題になると思います。
商品毎にポイント付与率が違い、現金支払い分のみにポイントを付与する方式の場合、商品毎のポイント付与率だけを元にポイント計算した場合は「どの商品を現金で買った事にするのかをシステムが決定しなければならなくなる」という問題が発生する為、ここでまたどうするのが正しいのかのポリシー設定などが必要となります。
ここまで全て含めて設定出来るシステムなら良いのだと思いますが、EC-CUBEの場合は上記問題の解決としてサイト基本ポイント率を設定してそのポイント率を元にして上記問題に対処しようとしている、という事なのでしょう。私は調べた結果これに納得し、運営側で気をつけるべき問題だと認識しましたが如何でしょうか？

ご連絡が送れてすみません。

そこまで理解出来ていませんでした。
確かにそうですね。

仕組みとその理由を教えて頂きありがとうございました。