ec-cubeを使ってのネットショップ。クレジットカードやコンビに決済などの決済モジュールを使いたいのですが、はじめは初期投資のいらないイプシロンで考えていましたが、取引のあるヤマト運輸のクロネコwebコレクトを使うことができたら、一番スムーズなのですが、ec-cubeにクロネコの決済サービスは使えるのでしょうか？　ご存知の方、使っているかたいたら教えてください。

私は導入したことはありませんが、過去スレッドでいくつか導入事例があるようですよ。
まずはそちらをご覧になってみてはいかがですか。

過去スレッドは画面右上の検索窓で「クロネコwebコレクト」で検索するといいかと思います。

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他社システムからEC-CUBEへの移行などお気軽にご相談ください。
福岡のホームページ制作会社 ECカンパニー
担当：田中利宏

モジュールは存在しませんが、購入完了ページにボタンを設置し、必要なパラメータと共に
クロネコwebペイメントの決済ページに飛ばす形で、割と簡単に実装できた記憶があります。

具体的には、tanaca様が仰っているように、このコミュニティの過去ログをご覧になるのが良いと思います。