初めて質問させていただきます。
お世話になります。

[EC-CUBE]　2.11.4
[レンタルサーバ]　さくらインターネット
[PHP]　PHP　5.2.17
[Webサーバ]　Apache/1.3.42 (Unix)
[データベース]　MySQL 5.5.15
[決済システム]　paypalウェブペイメントプラス
　　　　　　　　決済モジュール　2.11系

販売はダウンロードのみ、支払いもpaypalのみとなっております。

[現象]

2011年11月にpaypalの決済モジュールを入れてから
正常に動いていました。

2012年5月22日から、「入力内容確認画面」で
「次へ」をクリックして、paypalに画面が移る際に、
「この請求は支払い済みです。詳しい情報についてはマーチャントにお問い合わせください」
とpaypalからメッセージが出て、
EC-CUBEの受注管理画面の対応状況ではキャンセル扱いとなり、購入ができなくなりました。

ただし、5/25に1件だけ「決済処理中」となっているお客様がいらっしゃいます。

その後はまた以前と同じ現象（支払い済み→キャンセル扱い）が続いております。

paypal.logを確認したところ、5/22以降のログが取られておりません。

paypalに確認したところ、以下のように回答をいただきました。

↓↓↓

決済時に変数「invoce」に数字を付けて請求 IDを意味しております。

ただし、前の取引に既につけた数字を再度別の取引につけようとした時は、上のエラーが発生してしまいます。

一つは、ちゃんと別々の数字を付けてください。
これがお客様のご利用のEC-CUBEが第三者によるショッピングカートとなりので、大変お手数ですが、
そちらの運営者にお問い合わせください。

二つ目は、PayPalアカウントから重複する請求 IDの取引を拒否しないように設定してください。
場所：PayPalアカウントにログインし、
「個人設定」＞「販売ツール」＞「支払い受取りを拒否する」＞
「偶発的な支払いの受け取りを拒否する。」を「いいえ」にご設定ください。

↑↑↑　回答はここまでです。

つい先日、こちらのシステムを導入した前任者から、
わけあってシステム構築もphpも全く分からない私が引き継ぐこととなりました。
ちなみに引継ぎの内容はIDとパスワードとバージョン情報程度です。
勉強しながら運営していこうと思っていた矢先、このようなことがおきてしまいました。

そういう理由で、paypalからいただいた回答も、
どこのファイルの何を確認すれば正しいIDをpaypal側に送ることができるのか分からない状態です。

ちなみに、現在までシステムの何かを変更したことはありません。
私以外の担当者（店舗オーナー）も何もしていないと言っております。

ファイルがどこにあるかは確認できますので、
「どのファイルのどこを確認（変更）するといい」など、
ご教示いただけると大変助かります。

過去の質問も読ませていただきましたが、同じ質問が見当たらなかったので
（もしかしたら私が理解できなかっただけかもしれませんが）質問させていただきました。
質問内容などに不備などございましたらご指摘いただけると助かります。

何卒、宜しくお願い致します。

PayPal に送信している受注IDが被っている可能性が考えられますが, いくつかの店舗で同じ PayPalアカウントを使用していませんか?

nanasess様

返信いただきましてありがとうございます。

さくらインターネットでショップを開設する以前は、
別のサーバでショップの運営しており、
さくらインターネットの方にデータを移行した後も
まだ購入できる状態で残してあるようです。

以前のショップを閉鎖してアカウントをはずし、
問題が解決できるかどうか、確認してみます。

確認ができたら、またご報告させていただきます。

とても助かりました。
ありがとうございました。