お世話になります。初心者です。
はじめて質問させていただきます。

サイトデザインの関係上、header.tplを修正しました。
通常のページではheaderは

?----------------------------------------
<div id="header_wrap">
　<div id="header" class="clearfix">
　　<div id="logo_area">...</div>
　　<div id="header_utility">...</div>
　　<div id="header_navi">...</div>
　</div>
</div>
------------------------------------------
と表示されるのですが
ログインして、「購入手続きへ」遷移した後のheaderは

?----------------------------------------
<div id="header_wrap">
　<div id="header" class="clearfix">
　　<div id="logo_area">...</div>
　　<div id="header_utility">...</div>

　</div>
　　<div id="header_navi">...</div>
</div>
------------------------------------------
となってしまいます…

購入手続きへと遷移した後も?のように表示させたいのですが
どの部分をどのように変更したらよろしいのでしょうか？

ご教示いただけると幸いです。

また、質問方法にも不備がありましたら
あわせてご教示いただけると幸いです。
宜しくお願いします。

[EC-CUBE]2.11.5
[レンタルサーバ]ロリポップ
[PHP] PHP 5.2.17
[データベース] MySQL 5.1.59

余計な </div> が入ってしまうのが問題なのですよね？

<div id="header_utility"> から <div id="header_navi"> の間に記述されている </div> が、
特定の条件で表示されてしまっているのかなと思います。
１つずつ </div> を消してみて、どれが影響しているのか確認してみるのも一つの方法かと思います。

アドバイス、ありがとうございます。

それっぽい</div>を一つずつ削除したり、追加したりと
いろいろ試してみたのですが解決しなかったため
CSSで無理やり、余計な </div>が入ってもデザインが崩れないよう
対応しました。

根本的な問題解決にはなっておりませんが、
デザイン的、システム的に問題がないため
解決済みとさせていただきました。