EC-CUBEバージョン　2.12.1
PHPバージョン　PHP 5.2.17
DBバージョン　MySQL 5.5.15
レンタルサーバー　さくらインターネット

EC-CUBE 2.12.1を新規インストール。
インストールする際に.htaccessの削除を行い、
phpの設定から「magic_quotes_gpc = Off」を設定いたしました。
インストールを終え、商品を少し登録し数日放置していたら、

Category000(100)
Category100(100)
Category200(100)
Category300(100)
Category400(100)

上記のようなカテゴリーがいつの間にか増えていました。
カテゴリーの中には、商品0〜商品99までの100商品が勝手に登録されておりました。
また、それにあわせて会員数も増えており
検証 太郎(ケンショウ タロウ)
という会員が200名ほど勝手に増えている状況です。

解決方法・対処方法をご存知のかたがいらっしゃいましたら是非ご享受ください。。。

現象からして、以下のスクリプトが実行された様ですね。
・test/createEcCubeData-v25.php
・test/createEcCubeCustomerData-v25.php

もしかして、第3者が、testディレクトリ配下を閲覧できる状態になっていたりはしないでしょうか？

解決策としては、testディレクトリ内のファイルを閲覧・実行できない様にする事だと思います。

----------------
株式会社システムフレンド
羽生 賢太郎(Kentaro Habu)
改造専門店・EC-CUBE工房

ご回答ありがとうございます！

調べてみたところtestディレクトリはEC-CUBEの動作に直接関係ないディレクトリのようでしたので、一度testディレクトリを削除して様子を見たいと思います。