いつも拝見いたしております。
今回、下記の現象の解決に、
お知恵をお借りできないかと、
投稿いたしました。

----------------------------------------------------
[現象]
PayPalで正常に決済された受注レコードに、
削除フラグが立ってしまいます。
以下に状況の詳細をまとめます。

・決済モジュール「ペイパル ウェブペイメント プラス 決済モジュール(2.11系・2.12系) Version.3.1.0　2012/06/29」
・注文完了メールは管理側に届いている
・問題の受注レコードに削除フラグが立っている
・問題の受注レコードのステータスは「入金済み」のまま
・paypal.log では、問題の決済処理時に「payment_status => Completed」であり、その他エラーは無い。
・site.log は確認できていない。「ログファイル最大数」の設定によって既に削除済みだった。

[EC-CUBE] 2.11.5
[レンタルサーバ] さくらの専用サーバ
[OS] CentOS
[PHP] PHP 5.3.3
[データベース] MySQL 5.1.61
[WEBサーバ] apache2.2.15

----------------------------------------------------

paypal.logによれば、PayPalサーバから受信した、
リクエストのステータスが「Completed」でしたので、
削除フラグを立てる処理に入るとは考えにくいと思うのですが、
一体どこでどうレコードが更新されたか分からずにおります。

何かお気づき点がございましたら、
恐れ入りますが、
ご教示頂けませんでしょうか。
何卒よろしくお願い致します。

PayPal モジュールに限らないのですが, dtb_order_temp から dtb_order へコピーされる際, 多重アクセスなどにより, dtb_order_temp が論理削除された後にコピーされ, 削除フラグが立ってしまうことがあります.

SC_Helper_Purchase::registerOrderComplete() で, 明示的に del_flg = 0 を指定して, dtb_order のレコードを INSERT してみてはいかがでしょうか?

ご連絡が遅れまして、
申し訳ございません。

ご連絡ありがとうございます。
ご提案いただいた対応で様子を見てみようと思います。