どなたかご教授いただけると幸いです。

【環境】
EC-CUBEバージョン：2.12.1
PHP：5.1.6
DB：MySQL 5.0.95

ご注文受付メールについて質問させてください。
基本的には自動的に配信が行われているのですが、
お客様から「届いていない」とご連絡をいただくことが時々あります。
確認したところ、どうやら100件中3件程度は御注文受付メールが
届いていないようなのです。
※EC CUBEの管理画面の注文詳細を確認したところ、配信の記録は
残っておりました。
※お客様に問い合わせたところ、迷惑メールには入っていないそうです。

メールが届いていないとご連絡のあったお客様の注文内容にも類似事項はないようなので、サーバやネットワーク側で何かあったのかなという気もしているのですが、確証はありません。

同様の現象を経験されたことのある方や、何かわかることがありましたらご教授いただけると助かります。

よろしくお願いいたします。

過去に運用されているドメインとは別のドメイン名のメールアドレスを利用された際に
携帯メールアドレスで登録されたお客様の場合に、キャリア側にはじかれてしまうという事がございました。

具体的には
ショップのドメインが
http://example.com/
であった場合に送信元メールアドレスの設定が
test@test.com
と設定されていた場合に携帯のメールアドレスを登録して買い物されたお客様へのメールが届かないというケースです。
推測ではありますが、送信元のドメインとメールアドレスのドメインが一致しないためになりすましメールとして扱われてしまったのではないかと思います。

同様の症状かどうかは分かりませんがご参考まで。

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(株)ブラテック EC-CUBEカスタマイズサービス
http://www.bratech.co.jp/lpo/eccube.html
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bratech様

早速の情報のご提供ありがとうございます。
が、今回のサイトでは上記の対応済みでした。

どうやら他の原因のようです。。

また何か思い当たることがありましたら
ご教示いただけると幸いです。

よろしくお願いいたします。