今現在、他のECサイト(LiveCommerce)でショッピングサイトを運営しており期限が近いのを機にラピッドサイトのVPSでEC-CUBEに移行する準備をしています。契約後仮のドメインをつけてもらって自パソコンのhostsファイルを設定して管理画面へアクセスしてカスタマイズを行っています。
準備が整い次第ドメインを移して本運用する予定ですが、「ドメイン名のみでショップページを表示」させたいのでラピッドサイトのマニュアル（http://www.rapidsite.jp/support/manual/ap/e_9626.html）によれば、EC-CUBEのシステムディレクトリの移動を行って、再度インストール作業が必要ということですが、この場合はカスタマイズしたlist.tpl等の/data/以下のファイルが全てデフォルトに書き換わってしまうということなのでしょうか？
どれかのファイルやeccube_dbのテーブルのどれかのデータを書き換えたりすることで今までのカスタマイズを再度やり直したり、FTPで上げ直したりすることなく済ませることは出来ないのでしょうか？
よろしくお願いします。

過去ログのサーバー移転等に関する話が参考になると思います。

一回再インストールして、差分を上書きするという手順のほうが一応は正攻法だとは思います。

ですが2.12系という前提で簡単にまとめると
開発環境から本番環境への移転は、ファイルの複製、データベースの複製、ディレクトリやファイル権限のチェック、config.phpファイルを本番環境に合わせた設定に修正でだいたいはOKだと思います。

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AMUAMU 様

ありがとうございました。
config.phpが重要なファイルなのですね！
やはり再インストールした場合はSmarty以下のカスタマイズ済のテンプレートファイルもデフォルトファイルで書き換えられるのですね？
再インストール前にバックアップして再インストール後にカスタマイズしたファイルを戻すという手順が正攻法だといいうことですね。

ありがとうございました。