商品によって、配送料を変えたいのですが、
どのように設定すればいいのか分からず、困っております。

また、商品によって自動送信メールの内容も変えたいのですが、
その方法も分かりません。

初心者すぎて嫌気がさすかもしれませんが、
本当に困っているので、どなたか教えていただけないでしょうか。

宜しくお願いいたします。

個別に配送料を設定でしたらシステム設定＞パラメーター設定で
OPTION_PRODUCT_DELIV_FEE を変更して個別に送料を設定すればいけます。

個別にではなく、特定の商品が入っていた場合は少し高め・安めの配送料でまとめる場合はすこし改良を加えて行います。

自動送信メールの内容を商品によって変えるのであれば
LC_Page_Shopping_Confirm.phpに購入後のメール配信の部分があるので、そこで商品によってテンプレートIDを変更すればできると思います。