半年ほど稼働させていて、旧にエラーメッセージが出てきました。
エラーログを見ると下記の内容でした。

EC-CUBE:2.12.1
DB:MySQL 5.1.44
PHP:5.2.17

***********************************
Fatal error(E_USER_ERROR): DB処理でエラーが発生しました。
SQL: [PREPARE mdb2_statement_mysql_36e636f03dd9de5780f84c5821d22b60f1e2bc3a9 FROM 'SELECT sess_data FROM dtb_session WHERE sess_id = ? ']
PlaceHolder: [array (
0 => '96lucq4o0559agjntnqqt80pk3',
)]
MDB2 Error: unknown error
_doQuery: [Error message: Could not execute statement]
[Last executed query: EXECUTE mdb2_statement_mysql_36e636f03dd9de5780f84c5821d22b60f1e2bc3a9 USING @0]
[Native code: 1615]
[Native message: Prepared statement needs to be re-prepared]
on [D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\SC_Query.php(1008)] from *.*.*.*
customer_id =
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\index.php(24): require_once
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\require.php(35): require_once
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\require_base.php(45): SC_SessionFactory_UseCookie->initSession
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\sessionfactory\SC_SessionFactory_UseCookie.php(55): session_start
(): SC_Helper_Session->sfSessRead
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\helper\SC_Helper_Session.php(72): SC_Query->select
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\SC_Query.php(167): SC_Query->getAll
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\SC_Query.php(284): SC_Query->execute
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\SC_Query.php(971): SC_Query->error
D:\HostingSpaces\Users\EW*****\*****.com\wwwroot\data\class\SC_Query.php(1008): trigger_error


***********************************
検索してみたのですが、同じようなエラーの方が
見受けられなかったので。。
ＤＢ処理との接続が不安定なのか
よい改善策があればご教授ください。

未解決ですが、同じような報告がありました。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=9568&forum=2

確証は全くありませんが、以下の情報が関係あるかもしれません。
MySQL Bugs: #42041: Prepared-Statement fails when MySQL-Server under load
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=42041

一番下にあるMySQLの設定変更で改善したようです。
全く同じ事象か分かりませんが、参考までに。

貴重な情報ありがとうございます。

引用：

MySQLの設定をいじってやらないといけなさそうですね。
レンタルサーバーなのでどこまで設定出来るかわかりませんが。
問合わせて試してみたいと思います。

あと、MySQLのキャッシュのクリアもEC-CUBEに影響が無ければ
してみようと思いますが、キャッシュ系のクリアはされている
方はおられるのでしょうか？

最終レンタルサーバーということで
MySQLの設定は変更出来ずということで
現状未解決の状態です。

今後このような状況がつづけば
サーバーの移設も視野にいれようと思います。

取り急ぎ現状報告まで。

他の方で解決された事例がありましたら
お教え頂けますと幸いです。

レンタルサーバーですと権限的に実行出来ないかもしれないですが
MYSQLに対してEC-CUBEで使っているアカウントで以下のSQLクエリを直接実行すると解放してくれて解決出来るかもしれません

FLUSH TABLES;

またはテーブルを個別に指定する

FLUSH TABLE (テーブル名);

あとはレンタルサーバー会社にFLASH TABLESを頻度高めて定期的にしてくれ！とかDBサーバーを変えてくれ！って言うとかですかね・・・

----------------
EC-CUBE公式エヴァンジェリスト
EC-CUBEインテグレートパートナー (株)スピリット・オブ
移転・拡張・高速化・問題解決
各種カスタマイズ・支援依頼承ります。
[url=h

本日、12時半頃から同じエラーが発生しましたが
サーバの問題でした。

お騒がせしました。

環境：
EC-CUBE 2.11.1
PHP 5.3.22
MySQL 5.1.66-cll

私も似たようなエラーが、最近発生するようになりました。
EC-CUBEは数年使用しており、今までは全く見なかったエラーです。
朝イチでページにアクセスすると、以下のエラーが出ますが、何度か読み込み直すと普通に表示されるようになり、再現性が不明瞭です。
どうすれば解決できるか、ご存知の方はご教示お願いします。


▼▼▼ デバッグ情報ここから ▼▼▼

http://www.legnatec.co.jp/catalog/?

SERVER_ADDR: 54.249.62.48
REMOTE_ADDR: 122.31.34.86
USER_AGENT: Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; rv:43.0) Gecko/20100101 Firefox/43.0

/home/legna/public_html/catalog/index.php 32:LC_Page_Index_Ex->init
/home/legna/data/class_extends/page_extends/LC_Page_Index_Ex.php 47:LC_Page_Index->init
/home/legna/data/class/pages/LC_Page_Index.php 45:LC_Page->init
/home/legna/data/class/pages/LC_Page.php 100:SC_Helper_PageLayout->sfGetPageLayout
/home/legna/data/class/helper/SC_Helper_PageLayout.php 54:SC_Helper_PageLayout->getPageProperties
/home/legna/data/class/helper/SC_Helper_PageLayout.php 119:SC_Query->select
/home/legna/data/class/SC_Query.php 153:SC_Query->getAll
/home/legna/data/class/SC_Query.php 270:SC_Query->execute
/home/legna/data/class/SC_Query.php 903:trigger_error
▼▼▼ エラーメッセージ ▼▼▼
https://www.legnatec.co.jp/catalog/

SERVER_ADDR: 54.249.62.48
REMOTE_ADDR: 122.31.34.86
USER_AGENT: Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; rv:43.0) Gecko/20100101 Firefox/43.0

SQL: PREPARE mdb2_statement_mysql_2cff3637c08bb30c405a779cff8e8e523483a84db FROM 'SELECT * FROM dtb_pagelayout WHERE page_id <> ? AND device_type_id = ? AND url = ? ORDER BY page_id '

MDB2 Error: unknown error

_doQuery: [Error message: Could not execute statement]
[Last executed query: EXECUTE mdb2_statement_mysql_2cff3637c08bb30c405a779cff8e8e523483a84db USING @0, @1, @2]
[Native code: 1615]
[Native message: Prepared statement needs to be re-prepared]


/home/legna/public_html/catalog/index.php 32:LC_Page_Index_Ex->init
/home/legna/data/class_extends/page_extends/LC_Page_Index_Ex.php 47:LC_Page_Index->init
/home/legna/data/class/pages/LC_Page_Index.php 45:LC_Page->init
/home/legna/data/class/pages/LC_Page.php 100:SC_Helper_PageLayout->sfGetPageLayout
/home/legna/data/class/helper/SC_Helper_PageLayout.php 54:SC_Helper_PageLayout->getPageProperties
/home/legna/data/class/helper/SC_Helper_PageLayout.php 119:SC_Query->select
/home/legna/data/class/SC_Query.php 153:SC_Query->getAll
/home/legna/data/class/SC_Query.php 270:SC_Query->execute
/home/legna/data/class/SC_Query.php 888:MDB2_Statement_Common->execute
/home/legna/data/module/MDB2.php 4152:MDB2_Statement_mysql->_execute
/home/legna/data/module/MDB2/Driver/mysql.php 1654:MDB2_Driver_mysql->_doQuery
/home/legna/data/module/MDB2/Driver/mysql.php 798:MDB2_Driver_Common->raiseError
/home/legna/data/module/MDB2.php 1497:PEAR->raiseError
/home/legna/data/module/PEAR.php 557:MDB2_Error->MDB2_Error
/home/legna/data/module/MDB2.php 1009:PEAR_Error->PEAR_Error
▲▲▲ エラーメッセージ ▲▲▲

▲▲▲ デバッグ情報ここまで ▲▲▲