既に登録している商品の「商品価格」を変更したいです。
全商品ではなく、一部（１００件ほど）商品なのですが、
件数が多いのでＣＳＶで変更したいです。
変更方法又は、マニュアルのある場所を教えていただけませんか？

ECCUBEのデフォルトは、
CSVのproduct_idが既存のものと重複していた場合、更新するようになっています。

したがって、変更したい商品のIDを調べて、そのIDでデータを作成してアップさせれば良いでしょう。