商品に規格を設定すると、ショップの画面で規格2の選択肢が表示されず選択できない現象と、
商品に設定した規格を削除すると、在庫も一緒に消えてしまい、ショップの画面では品切れ中と表示される現象が発生しました。

現象その1
(1)商品マスタ画面で、商品(例:アイスクリーム)を選択し、規格のリンクをクリックして規格登録画面に遷移し、規格(例:大きさ、味。それぞれ選択肢は3つ)を設定する。在庫は無制限。
(2)サイトプレビューで商品一覧画面を表示すると、規格1(大きさ)と規格2(味)が表示されている。ここで、「大きさ」は選択できるが、「味」には選択肢が無いため選択できない。

現象その2
(1)上に引き続き、再び商品マスタ画面で商品を選択し、規格登録画面で「削除する」ボタンを押して規格を削除する。
(2)サイトプレビューで商品一覧画面を再表示すると、個数とカゴに入れるボタンが消えて、「申し訳ございませんが、只今品切れ中です。」になってしまう。

現象その1については、規格1でどれか値を選択すると、規格2が選択できるようになるはずです。JavaScriptで制御されているようです。

現象その2については、規格を削除した時点で在庫がリセットされるみたいです（規格それぞれで在庫を管理していますから当然ですね）。もう一度、商品登録画面で在庫を入力しなおせば表示できます。